En su estructura operativa existe una Dirección Ejecutiva y tres departamentos: administrativo, investigaciones y nuevos productos. A julio del 2001, el equipo de trabajo de Fondomicro está conformado por 14 personas.

Patrimonio
Las operaciones de la institución comenzaron con un aporte inicial de sus socios fundadores. Luego, en julio de 1990, se firmó un Acuerdo Cooperativo con la Agencia para el Desarrollo Internacional (USAID), mediante el cual se realizó una donación a Fondomicro del equivalente a US$7.25 millones desembolsable en el transcurso de 7 años para fortalecer su patrimonio y equiparlo para una expansión sostenida.

Como complemento de ese acuerdo, Fondomicro recibió fondos del Secretariado Técnico de la Presidencia (STP) por US$2 millones en calidad de préstamo. Los recursos obtenidos a través de estas dos fuentes, además del dinero aportado por los socios fundadores, constituyeron la principal fuente de recursos de la institución para la realización de sus operaciones.

De acuerdo con los términos del Acuerdo se emitieron reportes anuales sobre el uso de los fondos y se realizaron auditorías internas y externas para validar el buen manejo financiero de cada una de las partidas desembolsadas.

El Project Plan del Acuerdo con AID estaba orientado en tres grandes rubros: asistencia técnica, crédito y gastos operativos. En ese sentido, se desarrolló un programa de crédito a las instituciones con programas de microfinanzas e inicialmente la asistencia técnica fue provista por GEMINI en los primeros dos años y luego se estableció un departamento interno que acompañó a las instituciones que tenían programas de apoyo a la microempresa para su fortalecimiento institucional.

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